琼脂糖
应用于核酸电泳的琼脂糖是从石花菜、江蓠等红藻中所提取的高纯度琼脂。
琼脂糖虽在分子生物学实验中较为常见，但其实种类繁多。为选择适合实验目的的琼脂糖，需检查以下项目。
凝胶强度
琼脂糖凝胶破裂所需的载荷用（g/cm2）来表示。标准琼脂糖约为≧1,200 g/cm2（浓度1.5%，Nippon Gene Agarose S）。分离高分子核酸时，需要使用低浓度琼脂糖，因此使用高凝胶强度的琼脂糖可更有效地制备凝胶。反之，在分离低分子核酸时，则使用凝胶强度低的琼脂糖。
熔点
琼脂糖凝胶融化的温度。标准琼脂糖的熔点在90°C左右，可通过引入羟乙基来降低熔点。这种低熔点型琼脂糖比双链DNA的变性温度要低，加热至65°C左右即会熔化，因此应用于DNA回收等。低熔点琼脂糖的胶凝化温度也比其他琼脂糖低。
硫酸含量
应用于电泳的琼脂糖由琼脂糖和琼脂胶组成，杂质琼脂胶中含有硫酸基团。因此，琼脂糖标准品中的硫酸含量表示琼脂糖的纯化程度，高纯度琼脂糖的硫酸含量表示为≤0.1-0.2%。
电渗度
琼脂糖因带有硫酸基等而带负电，接触的缓冲液带正电，两者极性相反。在这种状态下进行电泳时，带正电的缓冲溶液向阴极移动。这种现象称为电渗，也是琼脂糖凝胶电泳中迁移缓慢的原因。因此，一般使用电渗度低的琼脂糖进行电泳。
Nippon Gene Agarose 产品系列及正确使用方法
| 产品名
产品编号 |
凝胶强度 | 熔点 | 胶凝温度 | 硫酸含量 | 电渗度 | 分离范围 | 使用浓度范围 | 用途 |
| Agarose S
318-01195 |
≧1,200g/cm2
（1.5%） |
≦90℃（1.5%） | 37-39℃（1.5%） | ≦0.1% | ≦0.1 | 0.5-30kbp | 0.5-2% | 标准琼脂糖。可制备的凝胶浓度范围广，成本低。 |
| Agarose HS
312-01431 |
≧1,600g/cm2
（1.5%） |
≦93℃（1.5%） | 37-39℃（1.5%） | ≦0.1% | ≦0.1 | 0.5-30kbp | 0.5-2% | 凝胶强度高，Southern印迹的理想选择。 |
| Agarose H
312-01431 |
≧2,600g/cm2
（1.5%） |
Boil（1.5%） | 37-39℃（1.5%） | ≦0.2% | ≦0.2 | 1-200kbp | 0.2-1% | 可制备高凝胶强度、低浓度的凝胶。分离高分子量核酸的理想选择。 |
| Agarose XP
316-06515 |
≧450g/cm2
（1.5%） |
≦65℃（1.5%） | ≦30℃（1.5%） | ≦0.1% | ≦0.1 | 0.01-20kbp | 1-4% | 低熔点琼脂糖。凝胶温度低，容易回收核酸。 |
| Agarose 21
319-03244 |
≧800g/cm2
（3%） |
≦85℃（3%） | 34-38℃（3%） | ≦0.1% | ≦0.1 | 0.01-1.0kbp | 2-5% | 溶解性优异，可制备高浓度凝胶。分离小分子核酸的理想选择。 |
| Agarose X
313-02681 |
≧1,200g/cm2
（4%） |
≦92℃（4%） | 31-39℃（4%） | ≦0.15% | 0.06-0.14 | 0.01-1.0kbp | 2-6% | 溶解性优异，可制备高浓度凝胶。凝胶强度高于Agarose 21。 |
【参考文献】
1）電気泳動学会 編：「新版 電気泳動実験法」（文光堂）（1989）．
2）大藤道衛 編：「電気泳動なるほどQ&A」（羊土社）（2007）．
3）Green, R. M. and Sambrook, J.： ”Molecular Cloning A Laboratory Manual, 4th ed.”, Cold Spring Harbor Laboratory Press（2012）．